หลังการตายของ พิสัย (โกสินทร์ ราชกรม) นั้น เจติยา (ราศรี บาเล็นซิเอก้า) ได้สืบหาความจริงและได้ทราบถึงการตายของ พิสัย ว่าเกิดจาก วนันต์ ไกรวิน (ทรงสิทธิ์ รุ่งนพคุณศรี) ซึ่งกำลังป่วยป็นโรคกล้ามเนื้ออ่อนแรง  และการตายเกิดจากพลังอำนาจลึกลับบางอย่างที่ วนันต์ได้มาจากกล่องรากบุญ

ในอดีตวนันต์ เป็นเพื่อนของสารัชซึ่งเป็นหุ้นส่วนที่ร่วมนิราลัยด้วย แต่เขามีปัญหาด้านการเงินทำให้ล้มละลาย จึงได้ฉ้อโกงบริษัท สารัชรู้ทันจึงเพียงแค่ยึดหุ้นคืนเพราะเห็นแก่ความเป็นเพื่อน  วนันต์อับจนจึงได้แอบเข้าไปในห้องของสารัชคิดจะขโมยกล่องรากบุญ เพราะคิดว่าเป็นของมีค่าน่าจะนำไปขายได้หลายสิบล้าน  เมื่อสำรวจกล่องแล้วเค้าได้พบกับเหรียญที่กล่องและเห็นว่ามีลวดลายสวยงามจึงหยิบออกมาดู แต่สารัชเข้ามาเห็นก่อนเขาจึงไม่ได้ขโมยกล่องรากบุญไปได้ไปเพียงเหรียญเท่านั้น และเมื่อออกมาจากบริษัทเหรียญได้แตกตัวเพิ่มเป็น 3 เหรียญและลอยขึ้นฟ้าหายไป 2 เหรียญ

          วนันต์ ย้ายไปตั้งรกรากที่สิงคโปร์ และร่ำรวยขึ้นมาอย่างกะทันหัน โดยมีลูกสาว พิมพ์อร (วิริฒิพา แย้มนาม) กับสามีช่วยบริหาร ต่อมาสามีของพิมพ์อรได้หัวใจวายอันเกิดจากคำขอจากเหรียญ พิมพ์อรได้ย้ายมาดูแลธุรกิจที่สาขาประเทศไทย โดยมี ชาคร (วริษฐ์ ทิพโกมุท) เป็นผู้ประสานงานการตั้งสาขาใหม่ที่เมืองไทยให้ เมื่อมีโอกาสได้พบและใกล้ชิดกับพิมพ์อรจึงทำให้เขาแอบหลงรักพิมพ์อรและมีความภักดีให้เป็นอย่างมาก พิมพ์อรและลาภิณ (พิรัชต์ นิธิไพศาลกุล) เริ่มสนใจการลงทุนธุรกิจร่วมกัน จึงมีการพบปะแลกเปลี่ยนความเห็นและเรียนรู้กันทางธุรกิจเพิ่มมากขึ้น นั้นทำให้พิมพ์อรยิ่งเพิ่มความชื่นชมความเป็นสุภาพบุรุษและความฉลาดในตัวลาภิณ แม้เธอจะรู้ว่าเจติยา (ราศรี บาเล็นซิเอก้า) เป็นภรรยาของเขาก็ตาม

          เหตุการณ์ไม่คาดคิดก็เกิดขึ้นเมื่อสาวสก๊อยที่นทีหลงรัก เสียชวิตอย่างปริศนา เจติยาช่วยคลี่คลายคดีและจับคนร้ายได้ และเหตุการณ์ในครั้งนี้ทำให้เจติยาได้เหรียญประหลาด ซึ่งมีหน้าตาแบบเดียวกับวนันต์ เมื่อมยุรี (ชนานา นุตาคม) ป่วยเป็นอัมพาตด้วยโรคหลอดเลือดสมองแตก เจติยาจึงรับหน้าที่ดูแลแม่สลับกับนที (สายชล ปารเนียส) วันหนึ่ง มยุรี เกิดอาการหัวใจวายกะทันหัน ลุงทวี (ญาณี ตราโมท) ตามเจติยาไปที่โลกพยาบาลด้วย ลุงทวีเอ่ยถึงเหรียญประหลาดที่หล่อนได้รับจากศพของสาวสก๊อย ว่าตนจำได้ว่าเป็นเหรียญที่แปะอยู่ที่กล่องรากบุญ จึงคิดว่าอาจมีอิทธิฤทธิ์คล้ายกล่องรากบุญ จึงบอกให้เจติยาลองขอพรเพื่อช่วยมยุรี แต่เธอปฏิเสธว่าไม่ต้องการเป็นทาสของกิเลส นี่เป็นวัฎสังขารของมนุษย์ เมื่อเจติยาหลับก็ได้พบกับยมทูตที่เตือนให้รักษาเหรียญไว้เพื่อใช้มันเรียกอีกสองเหรียญที่เหลือรวมถึงอธิบายถึงขอบเขตพลังงานของเหรียญและต้องการให้เธอทำลายเหรียญเพราะเป็นผู้ที่มีจิตใจบริสุทธิ์

เวลาเดียวกัน พิมพ์อรได้ยินเสียงของ กสิณ (ณัฐริกา ธรรมปรีดานันท์) ซึ่งเป็นผู้ชี้ทางชีวิตให้เธอมานานแล้ว เขาได้สรุปว่าเธอได้ช่วยสะสมพลังงานให้เค้าคงรูปร่าง แรงปรารถนาของพิมพ์อรสร้างสีดำบนเหรียญและเป็นพลังงานของเขา และได้บอกว่าแค่เพียงพลังของเหรียญไม่สามารถช่วยชีวิตของพ่อเธอได้ จำต้องใช้กล่องรากบุญซึ่งต้องรวบรวมเหรียญทั้ง 3 และเวลาของวนันต์มีไม่มากแล้ว

          อยุทธ์ (นิพัธ เจริญผล) น้องชายของพิมพ์อร และแฟนสาวได้เดินทางมาไทยเพื่อร่วมงานวันเกิดพ่อของแฟน แต่แฟนสาวกลับต้องมาเสียชีวิตอย่างปริศนา โดยไม่พบหลักฐานใดๆ และเจติยาก็ได้ช่วยเหลือศพของเธอจนสามารถคลี่คลายคดีได้ อยุทธ์ชื่นชมในการทำงานของเจติยาจึงได้หมกตัวอยู่กับเจติยา ช่วยเหลืองานเธอตลอด ลาภิณและเจติยามีความรักที่มั่นคงและไวใจซึ่งกันและกัน ทำให้ไม่มีใครเห็นทั้งสองทะเลาะกันด้วยข่าวลือความสัมพันธ์ลับๆ ของพิมพ์อรและลาภิณ พิมพ์อรจึงได้ขอพรให้เขามาหลงรักเธอ แต่ด้วยพลังความดีและความรักอันมั่นคงคำขอจึงไม่สามารถทำอะไรทั้งคู่ได้ ในงานเลี้ยงวันเกิดของพิมพ์อร ได้เชิญ ลาภิณ เจติยา และลุงทวี ไปร่วมพบปะและแนะนำให้รู้จัก วนันต์ ในเวลาเดียวกัน กสิณได้สัมผัสพลังของเหรียญที่เจติยาพกติดตัวมาด้วย แต่ด้วยพลังของเขาไม่มากพอจึงยังไม่รู้ว่าใครเป็นเจ้าของเหรียญได้เพียงเพ่งสมาธิและวาดรูปร่างบนกระดาษไว้เท่านั้น และเมื่อพิมพ์อรได้เห็นภาพจึงรู้ว่าเป็นเจติยา และปัญหาของเหรียญที่เกิดขึ้นก็คือ มันกำลังถูกฟอกขาวด้วยพลังบริสุทธิ์ และอาจจะไม่สามารถนำมาสร้างกล่องรากบุญได้อีก

          กสิณ เริ่มมีพลังแข็งแกร่งขึ้นเมื่อระยะหลังพิมพ์อรเริ่มมีความปรารถนาแข็งกล้าขึ้น เขาจึงได้คิดช่วยเหลือเธอด้วยการวางแผนฆ่าศัตรูทางธุรกิจที่จะแย่งงานก่อสร้างอาคารประชุมนานาชาติแห่งใหม่และโยนความผิดให้กับลาภิณ เพื่อให้เจติยายอมแลกเหรียญเพื่อช่วยเหลือเขา โดยกสิณกำชับพิมพ์อรว่าห้ามให้เจติยาเข้าใกล้ศพ เมื่อเจติยาทราบข่าวด้วยความหนักใจเพราะเมื่อบาดแผลและรอยนิ้วมือพุ่งไปที่ลาภิณและเธอก็ไม่สามารถเข้าใกล้ศพได้ พิมพ์อรจึงเสนอที่จะคืนความบริสุทธิ์ให้แต่เจติยาต้องยอมให้เหรียญแก่เธอ เธอปฏิเสธขอเสนอนั้นและคิดหาวิธีช่วยเหลือเขาเอง

          วนันต์เริ่มอ่อนแอลง และกสิณได้รับรู้ว่าเหรียญอันที่ 3 อยู่กับอยุทธ์นั่นเอง ลุงทวีได้เห็นความไม่สบายใจของ อยุทธ์  ในขณะนั้นเขาก็ได้เห็นเหรียญและได้ตัดสินใจเล่าความจริงเกี่ยวกับเหรียญให้แก่เขาฟังทั้งหมด  ลุงทวีดีใจที่อยุทธ์ไม่เคยขอสิ่งใดจากเหรียญนั้นแสดงว่าอยุทธ์มีจิตใจที่บริสุทธิ์เช่นกัน พิมพ์อรจึงนัดอยุทธ์เพื่อขอร้องน้องชายให้มอบเหรียญให้ตน เขาจึงเสนอขอพบพ่อก่อนตัดสินใจ และเมื่อ วนันต์ได้พบกับลูกชาย เขาขอร้องให้อยุทธ์ช่วยเหลือพี่สาวพ้นจากการครอบงำของกิเลส เขาจึงไม่ยอมมอบเหรียญให้แก่พี่สาว

เมื่อเหรียญทั้ง 3 ปรากฏ เจติยาจะขัดขว้างและทำลายกล่องรากบุญได้หรือไม่ พิมพ์อรและกสิณจะจัดการอย่างไร จิตใจที่บริสุทธ์จะชนะกิเลสที่เกิดขึ้นอย่างไร ติดตามชมได้ในละคร รากบุญ2 ตอนรอยรัก แรงมาร ทุกคืนวันจันทร์ และ อังคาร เวลา 20.15-22.45 น. ทางไทยทีวีสีช่อง3 (ออริจินัล)